Een belangrijk onderdeel van de vaaretiquette, en iets dat feitelijk aan wettelijke normen gebonden is, is het vlagprotocol. Boten groter dan de absolute minimummaat voeren altijd minimaal één vlag. De nationale vlag van het land waar de boot geregistreerd is, moet altijd aanwezig zijn als er mensen aan boord zijn, behalve 's nachts, wanneer de vlag moet worden binnengehaald. De nationale vlag moet aan de achterkant aan een mast worden bevestigd, of achter de boot. De vlag moet schoon zijn, met heldere, ongebleekte kleuren en mag niet in het water hangen.
Naast de nationale vlag zijn er ook clubvlaggen, die trouw tonen aan een bepaalde organisatie, de zogenaamde “jack”-vlaggen, een speciaal soort maritieme variant van de nationale vlag en die meestal worden gebruikt als boten niet onderweg zijn en de beleefdheidsvlag, die wordt gebruikt bij een bezoek aan een ander land en een kleine versie is van de nationale vlag van het land dat u bezoekt.
