Una parte importante de la etiqueta de navegación, y algo realmente ligado a las normas legales, es el protocolo de banderas. Las embarcaciones de tamaño superior al mínimo absoluto siempre llevan al menos una bandera. La bandera nacional del país en el que está registrada la embarcación siempre tiene que estar presente cuando hay personas a bordo, excepto durante la noche, cuando la bandera tiene que estar recogida. La bandera nacional tiene que estar sujeta a un mástil en la parte trasera del barco, o en la popa. La bandera debe estar limpia, con colores brillantes y sin blanquear, y no puede colgar en el agua.
Además de la bandera nacional, también hay banderas de clubes, que muestran la lealtad a una determinada organización; las llamadas banderas "jack" o gatos, que son un tipo especial de variante marina de la bandera nacional y que se utilizan sobre todo cuando los barcos no están navegando; y la bandera de cortesía, que se utiliza cuando se visita otro país y es una versión pequeña de la bandera nacional del país que se visita.
