Ein wichtiger Teil der Bootsetikette, der sogar an gesetzliche Normen gebunden ist, ist das Flaggenprotokoll. Boote, die größer als die absolute Mindestgröße sind, führen immer mindestens eine Flagge mit. Die Nationalflagge des Landes, in dem das Boot registriert ist, muss immer zu sehen sein, wenn Personen an Bord sind, außer in der Nacht, wenn die Flagge eingeholt werden muss. Die Nationalflagge muss an einem Mast am Heck des Bootes befestigt sein. Die Flagge muss sauber sein, mit hellen, ungebleichten Farben und darf nicht im Wasser hängen.
Neben der Nationalflagge gibt es auch Vereinsflaggen, die die Zugehörigkeit zu einer bestimmten Organisation zeigen, die so genannten "Jack"-Flaggen, die eine spezielle Marinevariante der Nationalflagge sind und meist verwendet werden, wenn die Boote nicht unterwegs sind, und die Höflichkeitsflagge, die bei Besuchen in einem anderen Land verwendet wird und eine kleine Version der Nationalflagge des Landes ist, das Sie besuchen.
