船のエチケットの重要な部分であり、実際に法的規範に縛られているのは、旗の慣習です。絶対最小サイズよりも大きい船は、常に少なくとも 1 つの旗を掲げます。船が登録されている国の国旗は、人が乗船しているときは常に掲げておく必要がありますが、夜間は旗を収納する必要があります。国旗は船の後ろまたは船尾のマストに取り付ける必要があります。国旗は清潔で、明るい漂白されていない色でなければならず、水中に垂らすことはできません。
国旗の他に、特定の組織への忠誠を示すクラブ旗、国旗の特別な種類の海上版で主に船が航行していないときに使用されるいわゆる「ジャック」旗、および他の国を訪問するときに使用され、訪問先の国の国旗の小型版である礼儀旗もあります。