Uma parte importante da etiqueta náutica, e algo efetivamente ligado a normas legais, é o protocolo da bandeira. Os barcos maiores do que o tamanho mínimo absoluto transportam sempre pelo menos uma bandeira. A bandeira nacional do país onde o barco está registado tem de estar sempre presente quando há pessoas a bordo, exceto durante a noite, quando a bandeira tem de ser recolhida. A bandeira nacional deve ser fixada num mastro situado na parte de trás, ou na popa, da embarcação. A bandeira deve estar limpa, com cores vivas e não branqueadas e não pode ficar pendurada na água.
Para além da bandeira nacional, existem também bandeiras de clubes, que mostram fidelidade a uma determinada organização, as chamadas bandeiras jack", que são um tipo especial de variante marítima da bandeira nacional e que são utilizadas principalmente quando os barcos não estão a navegar, e a bandeira de cortesia, que é utilizada quando se visita outro país e é uma versão pequena da bandeira nacional do país que se está a visitar.
