En vigtig del af bådetiketten, og noget, der faktisk er bundet til juridiske normer, er flagprotokollen. Både større end den absolutte minimumsstørrelse bærer altid mindst ét flag. Det nationale flag for det land, hvor båden er registreret, skal altid være til stede, når folk er om bord, undtagen om natten, hvor flaget skal tages ind. Nationalflaget skal fastgøres til en mast bagerst, eller agter, af båden. Flaget skal være rent, med lyse, ublegede farver og må ikke hænge i vandet.
Udover nationalflaget er der også klubflag, som viser troskab til en bestemt organisation, de såkaldte "jack"-flag, som er en speciel form for marine variant af nationalflaget, og som mest bruges, når bådene ikke er undervejs. , og høflighedsflaget, som bruges, når du besøger et andet land og er en lille version af nationalflaget for det land, du besøger.
