Tärkeä osa veneilyetikettiä ja jotain, joka todellakin on sidottu lakiin, on lippuprotokolla. Absoluuttista vähimmäiskokoa suuremmissa veneissä on aina vähintään yksi lippu. Sen maan kansallislippu, jossa vene on rekisteröity, tulee aina olla paikalla, kun ihmiset ovat aluksella, paitsi yöaikaan, jolloin lippu on otettava mukaan. Kansallislippu on kiinnitettävä takana olevaan mastoon, tai veneen perässä. Lipun tulee olla puhdas, kirkkaiden, valkaisemattomien värien, eikä se saa roikkua vedessä.
Kansallislipun lisäksi on olemassa myös seuran lippuja, jotka osoittavat uskollisuutta tietylle organisaatiolle, ns. "jakki" -liput, jotka ovat kansallisen lipun erityinen merivariantti ja joita käytetään enimmäkseen silloin, kun veneitä ei ole liikkeellä. , ja kohteliaslippu, jota käytetään vieraillessasi toisessa maassa ja joka on pieni versio vierailemasi maan kansallisesta lipusta.