En viktig del av båtetiketten, och något som faktiskt är bundet till juridiska normer, är flaggprotokollet. Båtar större än den absoluta minimistorleken bär alltid minst en flagga. Nationalflaggan för det land där båten är registrerad måste alltid finnas med när människor är ombord, förutom under natten då flaggan ska tas in. Nationalflaggan ska fästas i en mast baktill, eller akter om båten. Flaggan ska vara ren, med ljusa, oblekta färger och får inte hänga i vattnet.
Förutom nationalflaggan finns det även klubbflaggor, som visar trohet mot en viss organisation, de så kallade "jack"-flaggorna, som är en speciell sorts marin variant av nationalflaggan och som används mest när båtar inte är igång. , och artighetsflaggan, som används när du besöker ett annat land och är en liten version av den nationella flaggan för det land du besöker.
