Důležitou součástí lodní etikety, která je vlastně vázána na právní normy, je vlajkový protokol. Lodě větší než absolutně minimální velikost mají vždy alespoň jednu vlajku. Státní vlajka země, ve které je loď registrována, musí být vždy přítomna, když jsou na palubě lidé, s výjimkou noci, kdy je třeba vzít vlajku dovnitř. Státní vlajka musí být připevněna na stožáru na zádi nebo na zádi lodi. Vlajka musí být čistá, jasných, nebělených barev a nesmí viset ve vodě.
Kromě státní vlajky existují také klubové vlajky, které vyjadřují příslušnost k určité organizaci, takzvané jack" vlajky, které jsou zvláštní námořní variantou státní vlajky a používají se většinou, když loď není na cestě, a zdvořilostní vlajka, která se používá při návštěvě jiné země a je malou verzí státní vlajky navštívené země.
