Ένα σημαντικό μέρος της εθιμοτυπίας της βαρκάδας, και κάτι που πραγματικά δεσμεύεται από νομικούς κανόνες, είναι το πρωτόκολλο σημαίας. Σκάφη μεγαλύτερα από το απόλυτο ελάχιστο μέγεθος φέρουν πάντα τουλάχιστον μία σημαία. Η εθνική σημαία της χώρας όπου το σκάφος είναι νηολογημένο πρέπει να είναι πάντα παρούσα όταν επιβαίνουν άτομα, εκτός από τη νύχτα, όταν πρέπει να επιβιβαστεί η σημαία. Η εθνική σημαία πρέπει να στερεωθεί σε έναν ιστό στο πίσω μέρος ή πίσω, του σκάφους. Η σημαία πρέπει να είναι καθαρή, με φωτεινά, αλεύκαστα χρώματα και να μην μπορεί να κρέμεται στο νερό.
Εκτός από την εθνική σημαία, υπάρχουν και σημαίες συλλόγων, που δείχνουν πίστη σε μια συγκεκριμένη οργάνωση, οι λεγόμενες σημαίες «jack», οι οποίες είναι ένα ειδικό είδος θαλάσσιας παραλλαγής της εθνικής σημαίας και οι οποίες χρησιμοποιούνται κυρίως όταν τα σκάφη δεν είναι εν πλω. , και τη σημαία ευγένειας, η οποία χρησιμοποιείται όταν επισκέπτεστε μια άλλη χώρα και είναι μια μικρή εκδοχή της εθνικής σημαίας της χώρας που επισκέπτεστε.
