Bagian penting dari etiket berlayar, dan sesuatu yang sebenarnya terikat dengan norma hukum, adalah protokol bendera. Kapal yang lebih besar dari ukuran minimum absolut selalu membawa setidaknya satu bendera. Bendera nasional negara tempat kapal tersebut didaftarkan harus selalu ada saat orang berada di atas kapal, kecuali pada malam hari, saat bendera tersebut harus dibawa masuk. Bendera nasional harus dipasang pada tiang di bagian belakang, atau buritan kapal. Bendera harus bersih, dengan warna yang cerah dan tidak dikelantang, dan tidak boleh digantung di dalam air.
Selain bendera nasional, ada juga bendera klub, yang menunjukkan kesetiaan pada organisasi tertentu, yang disebut bendera "jack", yang merupakan jenis khusus varian laut dari bendera nasional dan yang sebagian besar digunakan ketika kapal tidak sedang berlayar, dan bendera kehormatan, yang digunakan ketika mengunjungi negara lain dan merupakan versi kecil dari bendera nasional negara yang Anda kunjungi.
