Une partie importante de l'étiquette nautique, et quelque chose de réellement lié aux normes légales, est le protocole du pavillon. Les bateaux plus grands que la taille minimale absolue portent toujours au moins un pavillon. Le pavillon national du pays où le bateau est immatriculé doit toujours être présent lorsque les personnes sont à bord, sauf pendant la nuit, lorsque le pavillon doit être pris en charge. Le drapeau national doit être attaché à un mât à l'arrière ou à l'arrière du bateau. Le drapeau doit être propre, avec des couleurs vives et non blanchies et ne peut pas pendre dans l'eau.
Outre le drapeau national, il existe également des drapeaux de club, qui montrent l'allégeance à une certaine organisation, les drapeaux dits “jack”, qui sont un type particulier de variante marine du drapeau national et qui sont utilisés principalement lorsque les bateaux ne sont pas en route, et le drapeau de courtoisie, qui est utilisé lors de la visite d'un autre pays et est une petite version du drapeau national du pays que vous visitez.
