Una parte importante del galateo nautico, legata alle norme giuridiche, è il protocollo delle bandiere. Le imbarcazioni di dimensioni superiori al minimo assoluto portano sempre almeno una bandiera. La bandiera nazionale del Paese in cui l'imbarcazione è registrata deve essere sempre presente quando le persone sono a bordo, tranne durante la notte, quando la bandiera deve essere portata dentro. La bandiera nazionale deve essere attaccata a un albero sul retro, o a poppa, dell'imbarcazione. La bandiera deve essere pulita, con colori vivaci e non sbiancati e non può essere appesa in acqua.
Oltre alla bandiera nazionale, esistono anche le bandiere di club, che mostrano la fedeltà a una determinata organizzazione, le cosiddette bandiere jack", che sono un tipo speciale di variante marina della bandiera nazionale e che vengono utilizzate soprattutto quando le imbarcazioni non sono in navigazione, e la bandiera di cortesia, che viene utilizzata quando si visita un altro Paese ed è una versione ridotta della bandiera nazionale del Paese che si sta visitando".
