Ważną częścią etykiety żeglarskiej i czymś faktycznie związanym z normami prawnymi jest protokół flagowy. Łodzie większe niż absolutne minimum zawsze noszą co najmniej jedną flagę. Flaga narodowa kraju, w którym łódź jest zarejestrowana, musi być zawsze obecna, gdy na pokładzie znajdują się ludzie, z wyjątkiem nocy, kiedy flaga musi być wniesiona. Flaga narodowa musi być przymocowana do masztu z tyłu lub na rufie łodzi. Flaga musi być czysta, w jasnych, niebielonych kolorach i nie może wisieć w wodzie.
Oprócz flagi narodowej istnieją również flagi klubowe, które pokazują przynależność do określonej organizacji, tak zwane flagi „jack”, które są specjalnym rodzajem morskiego wariantu flagi narodowej i które są używane głównie, gdy łodzie nie są w drodze, oraz flaga kurtuazyjna, która jest używana podczas wizyty w innym kraju i jest małą wersją flagi narodowej odwiedzanego kraju.