Važan dio etiketa za plovidbu i nešto zapravo vezano za pravne norme je protokol zastave. Čamci veći od apsolutne minimalne veličine uvijek nose barem jednu zastavu. Nacionalna zastava zemlje u kojoj je brod registriran uvijek mora biti prisutan kada su ljudi na brodu, osim tijekom noći, kada se zastava mora unijeti. Nacionalna zastava mora biti pričvršćena na jarbol, na leđima, ili na stražnjem dijelu broda. Zastava mora biti čista, sa svijetlim, neobjavljenim bojama i ne može se objesiti u vodi.
Osim nacionalne zastave, postoje i klupske zastave, koje pokazuju odanost određenoj organizaciji, takozvane zastave "Jack", koje su posebna vrsta morske varijante nacionalne zastave i koje se uglavnom koriste kada brodovi nisu u tijeku , i ljubazna zastava, koja se koristi prilikom posjeta druge zemlje i mala je verzija nacionalne zastave zemlje koju posjetite.
